X檔案：征服未來

影片開始於遠古的美國北德克薩斯州。公元前35,000年的某天，有兩名原始人獵人在山洞裡遇到外星生物，戰鬥一觸即發，其中一名獵人死亡，另一名殺死了外星生物，但也遭到一種黑色的油狀物質感染。1998年的一天，在相同的地點，住在那裡的小男孩史蒂夫掉進了附近的一個洞裡，並在裡面發現了那名原始人獵人的頭骨。當他拿起頭骨時，黑油滲入他的身體，侵入大腦，弄瞎了他的眼睛。為了營救史蒂夫，有四個消防員下去洞裡後失蹤，一隊穿著生化防護服的人馬上趕到了現場。

與此同時，由於「X檔案」調查被終止，聯邦調查局（FBI）特別探員福克斯穆德與黛娜史考莉被分配了其他任務。他們正在協助調查針對達拉斯市政府大樓的炸彈恐嚇事件，穆德在檢查目標對面的大樓過程中，發現炸彈藏在自動收貨機里。隊長達瑞斯米蕭安排穆德和斯卡利疏散大樓內的人員，自己留在現場解除炸彈。但探員們不知道的是，米蕭沒有排除炸彈，反而任由炸彈爆炸。

返回華盛頓特區後，穆德和史考莉受到了嚴厲的批評，因為爆炸時除了米蕭，還有四個人沒撤離大樓。聽證會正等著他們，要對他們的工作表現分別進行評估。當晚，穆德遇見了一個有些偏執的婦產科醫生艾文寇茲威，他認為那四個受害者早就已經死了，炸彈的引爆是陰謀，目的是為了湮滅他們的死因。而史考莉在醫院停屍房取證時，從其中一名消防員的屍體上檢測到了一種外星病毒。

同一時間，穆德和史卡莉的敵人癌人前往德州的事發現場。在實驗室，班布朗史威格博士給他看了其中一名消防員的屍體，其體內有一隻外星生物。癌人命令他給外星生物打一種疫苗，沒用的話就把屍體燒了。然而，外星生物從屍體內鑽了出來，殺了布朗史威格博士。

穆德和史考莉也到德州的事發現場走了一趟，但晚了一步，所有人員、甚至實驗室都已在數小時前撤走。兩人在追趕途中看見一列奇怪的火車，後面牽引著油罐卡車。他們跟蹤火車到達一片廣闊的玉米地，發現玉米地邊緣有著兩個發光的圓頂屋，進去卻空無一物。突然，壁爐里的格柵打開，地面出現一條地下通道，一群蜜蜂從裡面湧出來，直將他們追進了玉米地。幾架黑色直升機也冒出來追殺他們，但他們成功逃脫並返回了華盛頓。

回到華盛頓，穆德試圖請求寇茲威的幫助未果，史考莉出席聽證會後又得知她將被調職，分離令穆德十分悲傷。兩人擁抱著互訴離愁，就在要接吻時，一隻藏在史考莉衣領下的蜜蜂突然蟄了她一下，史考莉迅速失去了意識。穆德呼叫了醫護人員，但救護車到的時候，司機卻對著穆德的頭開槍，並擄走了史考莉。

在醫院醒來時，醫生告訴穆德，他被孤槍俠救了一命，子彈只是擦傷了太陽穴。之後他遇見了以前的對手光鮮人，對方坦承自己奉命來殺穆德和寇茲威，但沒有動手。穆德詢問寇茲威的生死，光鮮人並未直接回答。光鮮人告訴穆德史考莉人在南極，已經被病毒感染，但拿出一支疫苗交給他，要他用疫苗治好史考莉。光鮮人隨後以車輛爆炸方式自殺，以防隱瞞外星人存在的政府幕後組織辛迪加發現他的背叛，因而迫害他的後代。

穆德前往南極洲營救史考莉，發現癌人在地下運作著一個秘密實驗室。他用疫苗治好了史考莉，但也破壞到實驗室的實驗環境，導致有外星人開始逃竄。穆德和史考莉逃出地面之時實驗室正好毀滅，他們發現原來這是一艘在雪地里休眠的巨大外星船，而實驗室只是它的一部分。飛船破開了成噸重的冰層和覆雪，直上天際。穆德看著飛船垂直向上漸漸消失，而史考莉也恢復了意識。

過了幾天，史考莉參加了聽證會，但他們的證詞都被忽略，證據也被掩蓋。史考莉將僅剩的證據——那隻蟄了她的蜜蜂——交給聽證會的人，並指稱FBI現在已經無法建立可靠的調查小組去調查這份證據了。在突尼西亞的另一個基地（同樣有一大片玉米田和圓頂屋），癌人警告史莊侯，已經得知病毒存在的穆德仍然是一個威脅，並給他看一份電報，上面顯示X檔案調查已經被重新啟動了……

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